In der Kirche links vom Haupteingang führen einige Stufen hinab in die Krypta.

 Diese wurde seinerzeit als Grabstätte für die Trinitarier und Wohltäter der Kirche genutzt. In der Krypta befinden sich auch die Grabmäler mehrerer hochgestellter Persönlichkeiten aus früherer Zeit, wie das Grabmal des Grafen Carossa (gestorben 1693), der Fürstin Maria Leopoldine von Hohenzollern, des Grafen Rabutin de Boussy und anderer Adeliger. 

Bis zum 3. April 1782, als durch kaiserliches Dekret die Beisetzung in Grüften untersagt wurde, wurden 241 Tote unter der Kirche bestattet.  In der Sakristei existiert das handgeschriebene Verzeichnis der Namen aller hier bestatteten Personen.

Pfarrer Pater Hilarius Breitinger hat die Initiative ergriffen und die Genehmigungen eingeholt. Im April 1973 hat sein Nachfolger Pfarrer Pater Albert Herzog die Krypta eingeweiht und als Begräbnisstätte der Minoriten gewidmet.

Es wurde elektrisches Licht eingeleitet und es wurden die aufgebrochenen Gräber geschlossen. Man hat bewusst von der Wiederherstellung der Schrift abstand genommen. So können wir heute noch erkennen, welche Gräber im Laufe der Jahrhunderte Neugierige oder Suchende angelockt haben